2000 – Criação do Fundo Fundep de Apoio ao Desenvolvimento Institucional. Por meio dele, são destinados 40% do resultado anual operacional positivo da Fundep para ser aplicado na UFMG. O objetivo é apoiar o Projeto Campus 2000 da Universidade.
04/03/2002 – Professor José Nagib Cotrim Árabe assume o cargo de diretor-executivo da Fundep.
2003 – Criação do Manual do Coordenador: sistema web com um conjunto de procedimentos, exigências e restrições legais e funcionais e que balizava o relacionamento Fundep/Coordenador de projetos/ Financiador.
2004 – Lançamento do Espaço de Apoio ao Coordenador (EAC): ferramenta online de acompanhamento dos projetos gerenciados pela Fundep. O EAC é o aperfeiçoamento do Manual do Coordenador e permite aos pesquisadores acessar informações sobre seus projetos, realizar solicitações, conferências e emitir relatórios de qualquer lugar do mundo, 24 horas por dia.
2004 – Criação do Jornal da Fundep. A publicação tem como objetivo divulgar os projetos gerenciados pela Fundação e promover uma aproximação entre a instituição e seus parceiros.
2005 – Lançamento do Sistema Financiar – ferramenta comercializada em parceria com a Fundação Arthur Bernardes (Funarbe), da Universidade Federal de Viçosa, que reúne oportunidades de órgãos de fomento nacionais e internacionais em diferentes áreas do conhecimento e modalidades de pesquisa.
21/03/2006 – Professor Márcio Ziviani assume o cargo de diretor-executivo da Fundep.
2006 – Fundep assume a gestão do Hospital Risoleta Tolentino Neves, sob responsabilidade da UFMG.
2009 – Fundep foi credenciada pelo Grupo de Apoio Técnico (GAT) do Ministério da Educação (MEC) e do Ministério da Ciência e Tecnologia (MCT) para atuar como Fundação de Apoio à Universidade Federal do ABC (UFABC).
2009 – Fundep promove o projeto “Ciência, Tecnologia e Inovação na Mídia Brasileira”, que busca avaliar a cobertura dos veículos de imprensa aos temas relacionados ao universo científico brasileiro e internacional.
2009 – Criação e aprimoramento de novas ferramentas internas, como o Sistema de Gestão da Informação (SGI), o Sistema de Gestão de Riscos (SGR), o Sistema de Custos, o Sistema para Gerenciamento de Documentos e Minutas de Contratos.
2009 – Lançamento do portal especial para concursos, vestibulares e processos seletivos gerenciados pela Fundep – www.gestaodeconcursos.com.br
