1990 – A professora Odette Vieira Gonçalves de Souza assume o cargo de diretora-executiva da Fundep.
1991 – Fundep amplia suas atividades com a criação de um setor dedicado à gestão de concursos públicos, vestibulares e processos seletivos.
1991 – Ampliação dos serviços prestados pela Fundação à comunidade universitária na área de eventos, com acréscimo, entre outros serviços, do recebimento de inscrições, divulgação, reserva de espaços e hotéis e acompanhamento de serviços gráficos e da logística.
1992 – Portaria do MEC autoriza as Fundações de Apoio das universidades a atuar no gerenciamento das atividades dos hospitais de ensino.
1993 – Fundep firma contrato de administração dos recursos do Hospital das Clínicas da UFMG.
1994 – Promulgada a Lei 8.958, que disciplina as relações entre as Universidades Federais e suas respectivas Fundações de Apoio.
1990/1994 – Fundep passa por momento de reavaliação de objetivos e de sua estrutura organizacional. Nesse sentido, resultam as tentativas de ampliar as atividades de prestação de serviços e a realização de consultorias externas, como forma de viabilizar a instituição em tempos de escassez de recursos para a pesquisa.
21/03/1994 – O professor Tarcísio de Campos Ribeiro assume o cargo de diretor-executivo da Fundep.
1994 – A Fundep inaugura o seu primeiro site institucional. O lançamento é marca do pioneirismo e da vanguarda da Fundação que desponta entre as primeiras instituições do Brasil a possuir uma página na internet.
– Na primeira metade da década de 1990, uma das marcas da Fundação é o seu investimento no processo de informatização. Essa questão se torna ainda mais importante em razão das facilidades que o pesquisador passa a contar para a movimentação e acompanhamento de sua conta-convênio.
1990/1995 – Devido à crise econômica que se instalou na área de Ciência e Tecnologia no âmbito nacional, a Fundep busca maior aproximação com a Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais (Fapemig), assim como a diversificação de suas atividades.
1997 – O Fundo de Apoio à Pesquisa é transformado em Fundo de Apoio Acadêmico. A nova denominação resulta da ampliação dos objetivos, passando a atender demandas dos três pilares da Universidade: ensino, pesquisa e extensão.
18/03/1998 – O professor Jacques Schwartzman assume o cargo de diretor-executivo da Fundep.
1998 – Fundep realiza sua primeira ação oficial caracterizada como apoio institucional: a obra de restauro do prédio do Conservatório UFMG, tombado pelo IEPHA.
